Namun fakta persidangan menunjukkan bahwa meskipun terjadi konflik internal, UKIT YPTK GMIM tetap diakui oleh hukum negara.
Para saksi bahkan mengakui bahwa status hukum universitas tersebut tidak pernah dibatalkan atau dicabut oleh negara.
Keterangan lain yang terungkap, sejak tahun 2006 UKIT YPTK GMIM diklaim tidak diakui oleh BPMS GMIM.
Akan tetapi, gaji kedua pendeta tetap dibayarkan hingga Oktober 2008. Pembayaran gaji baru dihentikan mulai November 2008, tanpa diikuti penerbitan SK pemberhentian.
Pada 3 Juli 2009, BPMS GMIM sempat menerbitkan SK pemberhentian terhadap sejumlah pendeta, termasuk dua penggugat.
Namun kebijakan tersebut tidak berlangsung lama. Melalui SK tertanggal 1 Mei 2010, BPMS GMIM memulihkan kembali status para pendeta sebagai pekerja dan pendeta GMIM, sekaligus kembali membayarkan hak gaji mereka.
Kebijakan penghentian gaji kembali terjadi pada November 2015, di masa kepemimpinan Ketua Sinode GMIM Pdt. H. W. B. Sumakul.
Sejak saat itu, gaji para pendeta dosen tidak lagi dibayarkan hingga mereka memasuki usia pensiun pada 2020 dan 2021, kembali tanpa disertai SK pemberhentian sebagaimana diatur dalam Tata Gereja GMIM.
Merasa haknya diabaikan, para pendeta mengadukan persoalan tersebut ke Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi Provinsi Sulawesi Utara pada tahun 2016.
Proses mediasi dilakukan sebanyak tiga kali. Pada mediasi kedua, 5 Desember 2016, sejumlah pimpinan BPMS GMIM hadir memenuhi undangan pemerintah.
